La villa de Gernika se fundó sobre los terrenos de la anteiglesia de Lumo en 1.366. La Iglesia de Santa María es anterior a la fundación de la villa ya que antes de ser mencionada en la carta puebla como Monasterio de Sarospe, aparece en 1.051 en un documento de donación a San Millán de la Cogolla. Suponemos que este templo se encontraba intramuros debido a que está ubicado en una de las esquinas del casco urbano, a modo de vértice, y sus muros bien pudieran ofrecer defensa frente a la tierra llana. En la actualidad el único elemento antiguo del casco es la iglesia puesto que el resto fue destruido en el bombardeo. Tras la reconstrucción realizada por el organismo de regiones devastadas, la villa que surgió poco tiene que ver con la medieval ya que aunque mantiene el mismo numero de calles, éstas fueron modificadas en anchura y alineación, variando la parcelación y ordenación de las viviendas.

Desde la Edad Media, al menos desde el siglo XV, las reuniones de las Juntas Generales del Señorío de Bizkaia se han celebrado en Gernika, bajo el roble foral. El edificio de la Casa de Juntas situado en una colina que domina la ría de Mundaka, lo constituían dos elementos: el histórico árbol de Gernika con tribuna y campa donde se reunían los junteros, y la ermita de Nuestra Señora de la Antigua, donde, con el tiempo, fue trasladada la asamblea de junteros. Sin embargo, en la época moderna otras edificaciones complementarias, realizadas en el primer tercio del siglo XIX, conforman el conjunto de la Casa Foral que se mantiene en lo esencial: El archivo, la iglesia, la tribuna juradera, el museo y el templete para el árbol viejo. El actual árbol es heredero de los de antaño. Fue plantado en 1.860 y creció mientras languidecía el árbol viejo que se secó en 1.892.