La grotte de Santimamiñe se situe dans le Pays basque, dans le complexe des grottes préhistoriques du Golf de Biscaye. Les autres sanctuaires préhistoriques du pays sont Ekain, Altxerri et Isturitz. Les grottes contenant de l’art rupestre les plus proches de Santimamiñe sont, à l’Est, en Guipuzcoa celles de Ekain et d’Altxerri, qui sont à 32 et à 45 km respectivement. A l’Ouest, en Biscaye, celles d'Arenaza et de Venta Laperra, à 42 et à 67 km.