La cueva de Santimamiñe se encuentra en el País Vasco, dentro del complejo de cuevas prehistóricas del Golfo de Vizcaya. Otros santuarios prehistóricos del País son Ekain, Altxerri e Isturitz. Las cuevas con arte rupestre más próximas a Santimamiñe son, por el E, las gipuzkoanas de Ekain y Altxerri, sitas a 32 y 45 km respectivamente. Por el W, dentro de Bizkaia, las de Arenaza y Venta Laperra, a 42 y 67 km.