Su actual entrada se abre en un tajo casi vertical de la roca y lo mismo sucede con la entrada natural. Se encuentra a 20 metros sobre el nivel del mar y a 15 sobre el valle. Su distancia actual a la costa es de 2,5 km pero en el período del Magdaleniense en el País Vasco, en el que el nivel del mar estaba a unos 60 metros por debajo del actual, se calcula que la distancia de Altxerri al mar era de unos 6 km.
