• Hombres y mujeres. Aborda la historia social de la comarca, el proceso migratorio, el movimiento obrero, las condiciones laborales, etc. 
• La industria del hierro. Se expone el proceso de transformación del hierro. Su extracción minera, su traslado a los altos hornos, su fundición y elaboración, la creación de un tejido bancario, empresarial y de servicios, etc. 
• La ría. Es el aspecto más portugalujo. Desarrolla la evolución de un paisaje económico y social único en España: la desecación de las marismas, la canalización de la Ría, su actividad más allá de lo económico.

"Yo no creo que haya en la península nada que dé más impresión de fuerza, de trabajo y de energía como estos catorce o quince kilómetros de vía fluvial." Pío Baroja, 1918 5.

• El fondo permanente jalona tres grandes temas, HOMBRE, HIERRO y RÍA, desde una perspectiva histórica, etnográfica y artística.
• La OBRA INVITADA. Se trata de un espacio de exposición temporal para piezas procedentes de otros museos, instituciones o particulares.

2ª PLANTA. EXPOSICIÓN PERMANENTE: “Tres miradas sobre un paisaje” La historia, aunque sea la de un paisaje o la de un proceso como el industrial, es necesariamente la historia de los hombres y mujeres que la protagonizaron. Si el Hierro fue la materia prima vital para este despegue industrial, no menos importante fue la Ría. Las grandes obras de infraestructura permitieron el crecimiento de la naciente industria vizcaína en sus orillas: La Naval, Euskalduna, S.E.C. Babcock & Wilcox, Santa Ana de Bolueta y, sobre todo, Altos Hornos de Vizcaya. Esta transformación no sólo estuvo orientada a la actividad industrial. Ineludiblemente, la sociedad se vio convulsionada por la adaptación del paisaje a las nuevas demandas del hombre. El Muelle de Hierro, los ensanches y sobre todo el Puente Colgante se erigieron para servir a las personas, unir los pueblos, humanizar el paisaje, … Y todo ello pasó ante los ojos de la “vieja señora”, la villa de Portugalete.

3ª PLANTA. EXPOSICIÓN PERMANENTE. CONTINUACIÓN. En el último cuarto del siglo XIX el genio emprendedor de algunos y la fuerza de otros muchos se pusieron al servicio de una nueva industria, moderna y competitiva: la siderurgia. El proceso industrial y el desarrollo del capital se tratan en este espacio. Al mismo tiempo, ligado a ello, surge como contrapunto un movimiento social que luchará por sus derechos laborales y motivará la creación de los primeros sindicatos. Finalmente, la exposición permanente muestra otro uso del hierro: el artístico. Efectivamente, el hierro ha sido materia prima y fuente de inspiración para un elenco de artistas de la talla de Agustín Ibarrola, Bernat Vidal, Lucas Alcalde, Martínez Ortiz de Zárate, Gómez Gimeno, …