"Itsas Jauregia", "Aquarium" deitu ohi dena, Juan Carlos Guerra arkitektoak eraiki zuen eta 1928an ireki zen. Bertan Gipuzkoako Ozeanografia Elkarteak du bere egoitza. Denboraldi batez obrengatik itxita egon ondoren, 1998an ireki zen berriro, bere azalera hiruz biderkatuta. Instalazio berriak beren arloko aurreratuenetakoak dira: urpeko tunelak 360ºko ikuspegia eskaintzen du, eta oraingoz ez dago horren parekorik Europa guztian.

Edukiak

Hiru dira museo honetako erakusketa-arloak, eta horietatik ezagunena, arrain biziena. Ozeanarioa ur-putzu handia da; bertan hiru milioi litro ur baino gehiago sartzen dira. Hortik zehar metakrilatozko tunel bat pasatzen da, 360ºko ikuspegia ematen duena. Ikusten diren animaliak anitzak dira. Azpimarratzeko dira marrazoak, manta-arraiak, dortokak, ilargi-arrainak eta meroak. Apur bat exotikoagoak diren espezieak bizi ahal izateko beste esparru batzuk egokitu dira: Karibeko eta Indopazifikoko guneak, gune tematikoak, koralezko arrezifeetakoak eta ibai tropikal bat, besteak beste. Gure itsasoko animalia askok ere badute beren lekua. Bisitariari esku hartzeko aukerak eman zaizkio: mikromunduei buruzko esparruak bi dira, eta organismoak gehienez 40 aldiz handiago ikusteko kamerak jarri dira bertan. Horrez gain, akuario berezi bat dago, nahi duenak eskua uretan sartu eta animaliak ukitu ahal izateko.

Beste toki batean ozeanoetako bildumak daude ikusgai: maskorrak, arrainak, hegaztiak, algak, krustazeoak, koralak eta itsasoko beste izaki batzuk. Hemengo gauzarik deigarriena eskeleto bat da, 14 metro baino gehiagokoa, Gipuzkoako uretan 1878an harrapatutako balea batena.

Azken esparrua gure itsasoaren historiari buruzkoa da. Bertan Euskal Herriak historian zehar itsasoarekin izan duen lotura erakusten da. Hona bilduma eta arlo nagusiak: kartografia, nautika eta nabigazio-instrumentuak, itsas ertzeko arotzia eta itsasontzigintza, merkataritza eta portuak, etnografia, marinelen biografiak... Atal nagusia arrantza da, batez ere balearena eta bakailaoarena, baita arrantzan egiteko modu zaharrak ere, oro har.

Museoan proiekzioetarako gela bat dago, 208 bisitarirentzako lekua daukana. Bertan itsasoari buruzko pelikulak erakusten dira egunero. Urtean zehar erakusketa-programa bat betetzen da, Aldi Baterako Erakusketa Aretoan. Hezkuntza Sailak antolatzen dituen  pedagogia-jarduerak ikasgelan eta ikasgela-tailerrean burutzen dira. Azken horretan berariazko instrumentuak daude, hala nola mikroskopioak eta ikasteko bestelako materiala. Bertan artxiboa, liburutegia eta hemeroteka daude, denak itsasoko gaiei buruzkoak. Laborategi berrian arrainen beharrak ikertzen dira. Gipuzkoako Ozeanografia Elkartearen Itsas Modelismoko arloak hor dauka bere bilera-gunea. Horren partaideak dira itsasontzien ereduak mantentzen dituztenak. Lekua zabaltzeko lanen ondorioz, museoak kafetegi-jatetxea dauka, eta horren kanpoaldean, aire zabalean, terraza panoramikoa. Hori leku paregabea da badia ikusteko. Gainera, denda bat ireki da, Aquariumeko oroigarri ederrak erosteko.