El edificio denominado "Palacio del Mar", conocido popularmente por el "Aquarium", fue realizado por el arquitecto Juan Carlos Guerra. Fue inaugurado en 1928 y es sede de la Sociedad Oceanográfica de Gipuzkoa. En 1998 se abrieron al público las nuevas obras de ampliación, que han venido a triplicar el espacio con el que hasta ahora contaba. Estas nuevas instalaciones son unas de las mas punteras de Europa en su sector, siendo el único Aquarium que cuenta con un túnel bajo el agua que permite la visión en los 360º.

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Son tres los espacios expositivos que caracterizan a este museo, siendo el más popular el dedicado a los peces vivos. El Oceanario es una gran pileta de más de tres millones de litros de agua que es atravesada por un túnel de metacrilato que permite la visión 360º. La fauna que lo pueble es variada, destacando diversas especies de tiburones, mantas, tortugas, peces luna y meros. Acuarios caribeños, del Indopacífico o temáticos, arrecifes coralinos o un río tropical, son algunos de los espacios reservados para especies más exóticas. La fauna local está altamente representada en espacios específicos. La interactividad del visitante no se ha descuidado y, así, encontramos dos espacios dedicados a los micromundos, dotados con cámaras que aumentan hasta cuarenta veces los organismos y una acuario táctil donde las especies marinas pueden ser tocadas dentro del agua.

El segundo de los espacios expositivos muestra las colecciones oceanográficas: conchas, peces, aves, algas, crustáceos, corales y otras colecciones de seres marinos. La pieza estrella de esta sección es un esqueleto de ballena de más de 14 metros de longitud capturada en aguas gipuzcoanas en 1878.

El último de los espacios expositivos está centrado en la historia marítima local, y muestra la relación con el mar que a lo largo de la historia ha mantenido el pueblo vasco. Las principales colecciones y secciones que se exhiben son: cartografía, náutica e instrumentos de navegación, carpintería de ribera y construcción naval, comercio y puertos, etnografía, biografías navales, ... La pesca es un capítulo importante que hace especial hincapié en la caza de la ballena, las pesquerías de bacalao y la pesca tradicional.