A partir du jour de la découverte, toute une série de problèmes entre les autorités du moment et le département de préhistoire de la Société des Sciences Aranzadi, dirigé par Jesús Altuna, commença. On était dans les années du grand boom touristique , sur l'autel duquel trop de choses furent sacrifiées. Dans la presse, cette Société fut accusée de mettre la culture derrière des barreaux et l'on en demandait l'ouverture sans délai.
Jesús Altuna fit valoir comme argument que l'ouverture signifierait la perte de ce bien , privant les générations futures de toute connaissance en la matière.
On lui permit tout de même encore d'établir le plan de fouille du site, ce qui conduisit à demander que le site ne fût pas ouvert au public. Il lui fut accordé satisfaction sur ce point et les fouilles purent commencer la même année 1969, pour ne finaliser qu'en 1975.
A cette date, les choses étaient considérées sous un jour un tant soit peu différent. Les dommages causés par l'excès de visites dans les cavités ornées de Lascaux et d'Altamira étaient connus de tous. Par ailleurs, l'instauration d'un régime de pré-autonomie au Pays basque après la mort du dictateur permit de garder la grotte fermée.
Depuis lors, la Société Aranzadi, à travers son département de préhistoire, a jalousement veillé sur ce magnifique bien patrimonial. La grotte se trouve par conséquent telle qu'elle fut découverte et comme elle a été, pendant tant de siècles auparavant.
